食品厂无菌净化车间作为食品企业当中的重要场所, 必须保持清洁卫生,而其中一些特殊的加工环节, 则要求更为严格。如饮料中的无菌灌装车间 ,糕点中的冷加工区, 无后道灭菌的产品的内包装等等的加工车间等, 必须对食品厂无菌净化车间内空气中的微生物含量进行有效控制。要达到这些要求, 食品企业必需选用一至两种以上空气消毒方法, 以控制成品的微生物指标 。
食品厂无菌净化车间常用的空气消毒方法有空气过滤、臭氧消毒 、紫外线消毒 、熏蒸消毒等。
空气高效过滤法
空气高效过滤是利用物理阻留的方法去除空气介质中的尘埃和微生物。使用的过滤介质其孔隙小于细菌或孢子, 空气通过时, 微生物被阻留在介质一侧。有的过滤介质的孔经间隙大于微生物, 为了达到所需的除菌效果, 介质必须有一定的厚度, 发挥对空气中颗粒的拦截作用，是食品厂无菌净化车间目前最必要的杀菌处理方法。
    紫外线消毒法
紫外线消毒室我国目前应用最广泛的消毒方法之一，目前所使用的紫外线杀菌灯是以253.7nm波长紫外线。紫外线是一种低能量的电磁幅射, 其照射杀菌机理是直接照射到微生物表面或物体表面并保持足够的杀菌时间就能够破坏微生物机体细胞中的 DNA(脱氧核糖核酸 )或 RNA(核糖核酸 )的分子结构, 造成生长性细胞死亡或再生性细胞死亡 ,达到食品厂净化车间杀菌消毒的效果。是食品厂无菌净化车间目前辅助的杀菌处理方法。
臭氧消毒法
臭氧扩散性好, 不易产生杀菌死角 ,有效消毒时间持续长且消毒后无残留等优点 ,可弥补紫外线杀菌存在的天然缺点 , 臭氧对空气中的微生物有明显的杀灭作用 , 但对表面上污染的微生物的杀灭作用却比较缓慢。臭氧杀菌效果受浓度、温度、湿度、作用时间等因素影响, 一般温度低, 湿度大 (相对湿度必须大于 70%), 消毒效果好，是食品厂无菌净化车间目前最常用的杀菌处理方法。
熏蒸消毒法
熏蒸消毒是利用化学物质的气体或烟雾, 在密闭空间内进行熏蒸达到消毒目的。常用的有甲醛 、乳酸、过氧乙酸等。食品无菌生产净化车间应定期实施熏蒸消毒, 以保证食品厂无菌净化车间内空气的清洁。